Về tàu ngầm, Hải quân Malaysia có 2 tàu ngầm lớp Perdana Menteri vốn là tàu ngầm lớp Scorpène đặt mua của Pháp.

Tàu ngầm lớp Perdana Menteri có lượng giãn nước đầy tải 1.711 tấn, tàu có tốc độ tối đa khi lặn là 20,5 hải lý/giờ. Trên tàu có 6 ống phóng ngư lôi cỡ 533mm có thể phóng được tên lửa chống hạm SM-39 Exocet.

Hiện nay, tàu chiến mạnh nhất trong biên chế Hải quân Malaysia là 2 tàu khinh hạm lớp Lekiu mua của Anh. Tàu lớp Lekiu có chiều dài 106m, rộng 12,75m, lượng giãn nước 2.270 tấn, tốc độ tối đa 28 hải lý/giờ (Trong ảnh là khinh hạm KD Jebat lớp Lekiu).

Vũ khí trang bị trên tàu lớp Lekiu gồm có: 1 pháo hạm Bofors cỡ nòng 57mm, 2 pháo MSI-Defence cỡ nòng 30mm, 2x4 tên lửa chống hạm Exocet Block 2, 16 tên lửa phòng không Sea Woft, 2x3 ống phóng ngư lôi B515. Ngoài ra, tàu còn có sàn đáp và nhà chứa cho 1 trực thăng Super Lynx (Trong ảnh là khinh hạm KD Lekiu).

Vừa qua, Malaysia đã ký hợp đồng đóng 6 tàu khinh hạm lớp Gowind của Pháp và trong tương lai đây sẽ là các tàu chiến mạnh nhất của Hải quân Malaysia. Tàu khinh hạm lớp Gowind có chiều dài 111m, rộng 16m, lượng giãn nước 3.000 tấn, tốc độ tối đa 28 hải lý/giờ.

Vũ khí trang bị trên khinh hạm lớp Gowind bao gồm: 1 pháo hạm Bofors cỡ nòng 57mm, 2 pháo MSI-Defence cỡ nòng 30mm, 2x4 tên lửa chống hạm Exocet Block 3, 16 tên lửa phòng không MICA, 2x3 ống phóng ngư lôi. Ngoài ra, tàu còn có sàn đáp và nhà chứa cho 1 trực thăng. Dự kiến Hải quân Malaysia sẽ tiếp nhận khinh hạm lớp Gowind đầu tiên vào năm 2018.

Về đội tàu hộ tống. Hiện nay Hải quân Malaysia có 2 tàu hộ tống lớp Kasturi do Đức sản xuất. Tàu hộ tống lớp Kasturi có chiều dài 97,3m, rộng 11,3m, lượng giãn nước 1.900 tấn, tốc độ tối đa 28 hải lý/giờ (Trong ảnh là tàu KD Kasturi).

Vũ khí trang bị trên tàu hộ tống lớp Kasturi gồm có: 1 pháo hạm cỡ nòng 100mm, 1 pháo hạm Bofors cỡ nòng 57mm, 2 pháo MSI-Defence cỡ nòng 30mm, 2x4 tên lửa chống hạm Exocet Block 2, 2x3 ống phóng ngư lôi B515. Tàu có sàn đáp (không có nhà chứa) cho trực thăng Super Lynx (Trong ảnh là tàu KD Lekir).

Tàu hộ tống lớp Laksamana, đây vốn là các tàu hộ tống lớp Assad được Hải quân Iraq đặt mua từ Italia nhưng sau đó không được chuyển giao do phía Iraq xâm lược Kuwait. Hải quân Malaysia mua lại 4 tàu này vào năm 1995. Tàu lớp Laksamana có chiều dài 62,3m, rộng 9,3m, lượng giãn nước 675 tấn, tốc độ tối đa 36 hải lý/giờ (Trong ảnh là tàu KD Laksamana Muhammad Amin).

Vũ khí trang bị trên tàu hộ tống lớp Laksamana gồm có: 1 pháo hạm OTO cỡ nòng 76mm, 1 pháo phòng không 2 nòng cỡ 40mm, 6 tên lửa chống hạm Otomat Mk 2, 12 tên lửa phòng không Aspide, 2x3 ống phóng ngư lôi cỡ 324mm (Trong ảnh là tàu KD Laksamana Hang Nadim).

Tàu tuần tra xa bờ lớp Kedah có chiều dài 91,1m, rộng 12,85m, lượng giãn nước 1.850 tấn, tốc độ tối đa 22 hải lý/giờ. Vũ khí trang bị trên tàu gồm có: 1 pháo hạm OTO Melara 76mm, 1 pháo hạm OTO Melara 30mm, 2 súng máy 12,7mm, sàn đáp và nhà chứa cho 1 trực thăng Super Lynx 300.

Tàu đổ bộ KD Sri Inderapura có lượng giãn nước đầy tải lên đến 8.792 tấn và chở được 360 lính đổ bộ. Nhưng trong suốt thời gian phục vụ Hải quân Malaysia, tàu KD Sri Inderapura đã bị cháy 2 lần vào ngày 16-12-2002 và vào ngày 8-10-2009. Hai vụ cháy đã phá huỷ gần như toàn bộ con tàu. Hải quân Malaysia buộc phải loại khỏi biên chế tàu Inderapura vào ngày 21-1-2010. Hiện nay, Hải quân Malaysia không có tàu đổ bộ cỡ lớn nào.